مقالات منتشر شده در حیطه مدلینگ و شبیه سازی - افزایش توجه به مدلینگ در درمان سرطان

18 Sep 2017 : 09:29 نظرات: 0 بازدیدها: 
AAEAAQAAAAAAAAhUAAAAJDEwZmU0NDQ1LWY3ZWUtNGYyMC1iZTU5LWNmMGI3OTFjZDhlOQ.jpg
نتیجه بررسی اینجانب از میزان افزایش مقالات منتشر شده در زمینه مدلینگ-شبیه سازی-دراگ دیسکاوری بین سال 1970 و 2016 که در آن هستیم. 35843 مقاله در پابمد فقط برای استفاده از مدلینگ برای سرطان ثبت شده است.
البته طی این بررسی از کلمات کلیدی استفاده شد که کل مقوله داینامیک مولکولی، داکینگ مولکولی، آنالیز ساختار محور ، و مدلینگ را شامل شود، و تمام جستجوها شامل کلید واژه سرطان باشد.

بدین معنی که من میخواستم ببینم روند مطالعات مدلینگ و بیولوژی محاسباتی بر روی درمان سرطان چگونه است؟

همانطور که میدانید  بیولوژی محاسباتی و پیشبینی دارو و اتصال آن بر اساس الگوریتم های کامپیوتری، یک حیطه تقریبا جوان است که حدود 20 سال قدمت دارد.  بر اساس نموداری که تهیه شد، نشان داده می شود بعد از سال 96-98 نمودار شروع به صعود می کند و آن زمانی است که نرم افزار هایی همچون گرومکس که داینامیک مولکولی را شبیه سازی میکنند و اینترنت که منجر به ایجاد پایگاه های داده شد ، گسترش یافتند.
در سال 2015 تنها 3939 مقاله در پابمد ثبت شده است که در استفاده از مدلینگ برای درمان سرطان منتشر شده اند.

در سال 2016 که همچنان چهار ماه از آن باقی مانده است، تا این لحظه تعداد 2255 مقاله منتشر شده است.
همانطور که در این مقایسه در نمودار فوق نشان داده شده است، مقایسه ای صورت گرفته است بین میزان مقالات منتشر شده ثبت شده در پابمد و ساینس دایرکت. از آنجاییکه در پابمد تعداد زیادی ژورنال هستند که در آی اس آی و اسکوپوس ثبت نشده اند و پذیرش آسان تری برای مقالات دارند، این رشد خیلی چشمگیر تر است.
اما تعداد مقالاتی که توسط ساینس دایرکت و انتشارات الزویر منتشر شده، سختگیری بیشتری مواجه هستند و کار باید دارای استاندارد بالایی باشد. از اینرو است که تعداد مقالات اگر چه  همچنان رشد دارد، ولی میبینیم تعداد مقالات در سال 2016 نیز با اینکه به انتها نرسیده است با تعداد مقالات کل سال 2015 برابری میکند. در حالیکه در پابمد تعداد مقالات در سال 2016 دارای افت است. این امر نشان میدهد که حتی ژورنال هایی که فاقد ایندکس آی اس ای هستند هم سختگیری هایی را اضافه کرده اند.
البته باید متذکر شد، از آنجاییکه زمینه دراگ دیسکاوری بسیار تخصصی است تعداد ژورنالهای تخصصی خیلی کمی هم دارد. این امر در مقایسه با ژورنال های عمومی فارماکولوژی، فارماسی، و غیره است. و این ژورنال ها با توجه به اینکه مخاطبانشان که اساتید داروسازی و پزشکی هستند اما با حیطه محاسبات اشنایی ندارند، مقالاتی که صرفا بر اساس محاسبات و آنالیز های کامپیوتری است را نمیپذیرند.
یکی از چالش های پیش روی تحقیقات صورت گرفته در حیطه شبیه سازی دارویی که خود اینجانب با آن رو به رو هستم، حیطه بسیار تخصصی آن است که ژورنال ها علاقه ای به انتشار مقالات آن ندارد و یک زمینه خسته کننده به نظر می رسد.
به هر حال مطالعات محاسباتی مخصوصا در فیلد دراگ دیسکاوری که مانع اسراف مواد آزمایشگاهی می شود، اهمیت دارد.

  قبل از شروع آزمایشها، تعداد زیادی از ترکیبات کنار گذاشته شده و کاندیدا های مناسب برای سنتز شیمیایی و مراحل بعدی استفاده می شوند.

البته مقوله طراحی دارو و دراگ دیسکاوری دارای چندین مرحله است و در هر مرحله احتمال کنار گذاشتن دارو وجود دارد.
یک نکته مهم که باید اینجا متدکر شوم این است که در این مقوله شما نمیتوانید صرفا تعدادی نرم افزار فرا گرفته و با آنها چندین سال با خیالی آسوده  کار کنید.  بلکه باید مدام سیستم های جدیدی که بر پایه الگوریتم های جدید طراحی می شوند را فرا بگیرید. اگر با سیستمی حتی دو سال قبل کار میکردید، امروز ممکن است  منسوخ نشده باشد ولی کارکرد آن با نصف کاهش پیدا کرده باشد. آشنایی با اصول الگوریتم نویسی هم توصیه میشود که قدرت تصمیم گیری وبهینه سازی نرم افزارها را پیدا کنید. چون به هر حال هر تحقیقی خطاهای خاص خودش را دارد و تمام تلاش این است که عملیات شبیه سازی تا جای ممکن، به آنچه در سلول زنده اتفاق می افتد نزدیک باشد.

از جمله این مراحل فازهای 1، 2، و3 کلینیکی هستند که پس از تایید سمیت سلامت دارو بعد از تایید سازمان بهداشت و غذای آمریکا، وارد داروخانه ها می شود.

بطور میانگین یک دارو تا به پیشخوان داروخانه برسد 15 سال زمان میبرد تا کلیه آزمایشهای لازم بر روی آن صورت گرفته و تایید نهایی گردد.

درباره نویسنده

دکتر پرهام جبارزاده کابلی

دکتر پرهام جبارزاده کابلی

دارای مدرک دکترای تخصصی در پزشکی مولکولی از دانشگاه پوترای مالزی هستم و تمام تمرکز اینجانب بر روی مسیر های پیام رسانی سرطان و طراحی داروهای ضد سرطان هست. از طرف دیگر بیش از ده سال عضو هیات علمی وزارت علوم ایران بوده ام و سال ها دروس بیوشیمی و زیست شناسی سلولی و مولکولی را تدریس کرده ام. از سال 1384، پایگاه زیست شناسی ایران را راه اندازی کرده ام و اینک با راه اندازی آکادمی علوم پایه پزشکی که با نام رسمی پرهام آکادمی در اتحادیه اروپا به ثبت رسیده است، فصل جدیدی از فعالیت های آموزشی و پژوهشی اینجانب آغاز شده است. اینجانب از هر نوع فکر و ایده نویی برای هر چه بهتر کردن سرویس ها و خدمات آموزشی و پژوهشی به فرهیختگان عزیز کشورم، استقبال می کنم.
مطالب من

0 نظرات

خوش آمدید!

نام کاربری یا ایمیل:

رمز عبور:




[ ]

تماس با ما

لینک به این مرکز

لینک به این مرکز

آمار وب سایت